A Akatsuki é uma organização criminal e pelo que foi revelado até agora, é considerada o maior obstáculo de Naruto. A organização apareceu inicialmente na primeira série de Naruto, mas apenas foi revelada por inteiro na série Naruto Shippuuden. A organização é constítuida por 9 (seriam 10 a contar com Orochimaru) ninjas exilados das suas vilas. Aparentemente, todos os ninjas que fazem parte desta organização são todos criminosos de Rank S.

Não se sabe muito sobre esta organização, apenas que eles procuram todos os Jinchuurikis (ninjas que possuem monstros (Bijuus) selados dentro deles) para poder extrair e usar o poder do Bijuu.

Cada membro da Akatsuki possui a fita ninja com um risco que cobre o centro da fita, de forma a mostrar o ódio pela sua vila natal. Possuem tambem um anél que identifica as suas posições na organização, um chapeu de palha, e um casaco comprido preto decorado com núvens vermelhas. Cada anel possui um símbolo diferente.

Os membros desta organização são: Uchiha Itachi, Hoshikagi Kisame, Deidara, Akasuna no Sasori, Hidan, Kakuzu, Zetsu, Pein e Tobi.

Hoshigaki Kisame é um dos 7 antigos Mestres Espadachins de Kirigakure, um grupo que era conhecido pelas suas enormes armas em batalha. Enquanto estava em Kiri, Kisame era conhecido como o "Monstro do Nevoeiro". Kisame tem uma aparência de tubarão, com uma pele rígida e azul. Tem uns pequenos olhos brancos e dentes triangulares afiados. O nome Kisame tambem significa "Tubarão Demoníaco". Kisame usa tambem uma cor roxa escura nas unhas, como Itachi.

Uchiha Itachi matou todos os membros do Clã Uchiha, deixando somente o seu irmão, Uchiha Sasuke vivo. Com este facto, Itachi tornou-se numa pessoa extremamente fria e despreocupada. Com a morte do seu clã, Itachi tornou-se assim num ninja exilado em Konoha, e entrou para a Akatsuki.

Itachi era conhecido como o prodígio do clã Uchiha pois tornou-se Genin com 7 anos, conseguiu desenvolver o Sharingan com 8, tornou-se Chuunin aos 10 e aos 13, era líder da ANBU. Segundo o pai de Uchiha Itachi, Uchiha Fugaku, Sasuke deveria seguir o exemplo do irmão de forma a poder ser o motivo de orgulho do Clã. Quando Itachi destruiu o clã, ele disse ao Sasuke que se este quisesse vingar o Clã, deveria viver no medo, odiando-o, fugindo para sobreviver.

Deidara era um ninja de Iwagakure no Sato (Vila da Pedra) mas no entanto, devido a causa desconhecidas, fugiu. Antes de entrar para a Akatsuki, Deidara agia como um terrorista, acabando por atrair a atenção de Pein. Apesar da sua resposta negativa no que toca a entrar na Akatsuki, foi forçado a entrar após a derrota numa luta contra Uchiha Itachi.

Fugiu de Sunagakure no Sato (Vila da Areia) há 20 anos atrás por se ter viciado em matar pessoas e transformar as mesmas em marionetas, afirmando ser uma arte. Juntou-se à Akatsuki,  e ficou conhecido como Akasuna no Sasori (Sasori da Areia Vermelha). Mestre com as suas marionetas, desenvolveu jutsus e bonecos poderosos e é conhecido como um dos mais poderosos da Akatsuki, pois assassinou o Kazekage mais forte de toda a história e invadiu um país inteiro sozinho.

Hidan veio de Yugakure no Sato (Vila das Termas), uma vila cujas guerras teriam terminado. Mesmo quando as Grandes Guerras terminaram e as vilas tornaram-se potências militares, aquelas vilas com uma abundância de recursos e locais turísticos acabavam por ganhar posição em tempo de paz. Hidan, que sempre viveu com um enorme desejo por lutas, cresceu frustrado e descontente com toda aquela paz em seu redor. Hidan tornou-se adepto da religião Jashin, e para se tornar seguidor de Jashin, Hidan teria que matar todo o povo da sua vila. Ele é um membro da Akatsuki sádico, cruel e religioso. Acredita cegamente na sua religião, e acaba por executar todos os rituais da mesma. O idealismo dele, é matar sempre o oponente, pois considera que deixa-lo apenas inconsciente é um pecado grave. Fica nervoso e exaltado facilmente, querendo matar quem lhe passa à frente. Além disso, Hidan é compulsivo e descuidado, pois possui uma enorme auto-confiança.

Quando Kakuzu ainda morava na sua vila, recebeu a missão importante de assassinar o 1º Hokage. Mas Kakuzu foi derrotado pela Kekkei Genkai do 1º Hokage, o Mokuton. Quando Kakuzu regressou à sua vila, incapacitado e à beira da morte, recebeu severos castigos, foi desonrado e humilhado. Sentindo um ódio enorme pelos companheiros da vila, Kakuzu fugiu da prisão onde tinha sido colocado, e aprende um Kinjutsu (Jutsu Proíbido), o Jiongu, que consiste em incorporar os corações das vítimas no seu corpo, tornando-se assim imortal. Para morrer, Kakuzu teria que perder todos os seus cinco corações.

Zetsu é um ninja que fugiu da sua vila e se juntou à Akatsuki. A sua principal característica é a de possuir um corpo com duas metades individuais e distintas. A parte superior do seu corpo assemelha-se a uma planta carnívora gigante. Ele conhece um ninja chamado Tobi, que quer fazer parte da Akatsuki, mas Tobi é tão misterioso como Zetsu, e por isso, pouco ainda se sabe sobre estes 2.

É conhecido como o líder da Akatsuki, e aparenta ser forte, pois todos os membros da Akatsuki falam para ele com respeito, excepto Hidan devido à sua religião. Pein possui diversos piercings espalhados por todo o corpo, porém a sua verdadeira aparência é similar a de Orochimaru. Ele acredita ser um deus, e a sua atitude fria não muda independentemente do inimigo.

Pouco se sabe desta personagem misteriosa até a actualidade. É o membro mais recente da Akatsuki, e amigo intímo de Zetsu, que afirma que Tobi é um bom rapaz. Gosta de fazer piadas, embora Deidara não pense o mesmo. Usa uma máscara laranja de forma oval apenas deixando a vista o seu olho. Tem uma prótese num dos seus braços.
O nome verdadeiro deste homem foi revelado uma vez pela Kyuubi de Naruto, e nome o qual não iremos revelar aqui pois ficará ao vosso critério descobrir.